Dans ce jeu d'horreur de survie narratif à la troisième personne se déroulant 300 ans dans le futur, le joueur incarnera Jacob Lee, une victime du destin jetée dans la prison de Black Iron, un pénitencier de haute sécurité situé sur la lune de Jupiter, Callisto. Lorsque les détenus commencent à se transformer en créatures monstrueuses, la prison sombre dans le chaos.

Se déroulant sur la lune morte de Jupiter, Callisto, en l'an 2320, The Callisto Protocol met les joueurs dans la peau de Jacob Lee, un détenu de la prison de Black Iron. Lorsqu'une mystérieuse épidémie plonge la lune dans le chaos, Jacob doit affronter ses peurs les plus profondes pour vaincre les créatures assoiffées de sang qui le traquent, tout en levant le voile sur les sombres mystères au cœur de la toute-puissante United Jupiter Company.