Persona 5, un JRPG au tour par tour avec des éléments de visual novel, suit un lycéen dont le casier judiciaire prouve sa culpabilité pour un crime qu’il n’a pas commis. Bientôt, il rencontre plusieurs personnages qui partagent un destin similaire au sien, et découvre un royaume métaphysique qui lui permet, ainsi qu’à ses amis, d’exprimer leurs frustrations contenues en devenant un groupe de justiciers amateurs d’esthétique et de rébellion. Ils combattent la corruption.

L’histoire se concentre sur le protagoniste de 16 ans, après avoir été transféré au lycée Syujin à Tokyo, au Japon. En vivant chez des amis de ses parents, il fait la rencontre du turbulent Ryuji Sakamoto, de la renfermée Ann Takamaki, de l’étudiant en art Yusuke Kitagawa, et d’une créature féline qui parle et qui peut changer de forme, connue sous le nom de Morgana. Durant son séjour, le sentiment d’être étouffé par leur environnement amène les cinq personnages à former un groupe appelé les « Voleurs Fantômes de Cœurs », travaillant ensemble pour explorer le « Palais », un château créé par les cœurs des gens, et voler les mauvaises intentions présentes dans les cœurs des autres afin de les aider : au cours de cette quête, ils affrontent des figures d’autorité adultes qui s’opposent à eux, ainsi qu’un ennemi plus grand révélé par leurs activités.