Bienvenue à Hope County, dans le Montana, terre des hommes libres et courageux, mais aussi foyer d’une secte fanatique de l’apocalypse connue sous le nom de The Project at Eden’s Gate, qui menace la liberté de la communauté. Tenez tête au chef de la secte, Joseph Seed, ainsi qu’aux Hérauts, et allumez les feux de la résistance qui libéreront cette communauté assiégée. Dans ce vaste monde, vos limites et votre créativité seront mises à l’épreuve face au plus grand et au plus impitoyable ennemi que Far Cry ait jamais connu. Ce sera sauvage et étrange, mais tant que vous garderez votre sang-froid, les habitants de Hope County pourront dormir sur leurs deux oreilles en sachant que vous êtes leur lueur d’espoir.

Le jeu se déroule dans le comté fictif de Hope County, dans le Montana, où un prédicateur nommé Joseph Seed s’est imposé dans la région. Seed croit avoir été choisi pour protéger les habitants de Hope County d’un « effondrement inévitable » et a fondé une congrégation appelée Eden’s Gate. Officiellement, il s’agit d’accomplir sa mission de guider les gens vers le salut ; en réalité, Seed est un prédicateur radical et Eden’s Gate est une secte apocalyptique militarisée. Sous son autorité, Eden’s Gate a eu recours à la fois à la coercition et à la violence pour convertir de force les habitants de Hope County, ainsi qu’à l’intimidation pour les empêcher de contacter le gouvernement fédéral et demander de l’aide. Lorsqu’une tentative d’arrestation de Seed se solde par la mort de plusieurs représentants de la loi, le joueur est entraîné dans le conflit armé opposant Eden’s Gate aux habitants restants de Hope County, qui s’organisent en mouvement de résistance. Le joueur incarne un adjoint du shérif envoyé à Hope County pour arrêter Seed. Seed a pris le titre de « Père » et maintient son emprise sur Hope County avec l’aide de ses frères et sœurs, connus sous le nom de « Hérauts » : Jacob, un ancien officier militaire qui supervise leurs soldats armés ; John, un avocat qui a réussi à acquérir une grande partie des terres de Hope County pour Eden’s Gate ; et Faith, qui se présente comme une pacifiste afin d’amener les gens à croire en son frère aîné et à lui faire confiance. Parmi les habitants de Hope County opposés à Seed figurent le pasteur Jerome, un responsable religieux local qui a vu sa congrégation lui être enlevée par Eden’s Gate ; Mary May, une barmaid dont le père a été assassiné par la secte ; et Nick Rye, un pilote d’avion agricole qui veut éliminer l’influence de la secte afin de construire un avenir meilleur pour ses enfants.