A Plague Tale: Requiem est un jeu d'action-aventure similaire à son prédécesseur. Le joueur incarne Amicia et doit affronter à la fois des soldats de l'Inquisition française et des hordes de rats qui propagent la peste noire. Le gameplay est en grande partie similaire à celui du premier jeu, bien que le système de combat soit considérablement développé. Le jeu propose un système de progression dans lequel le joueur obtient des compétences et capacités supplémentaires. Les joueurs adeptes de l'infiltration débloqueront des compétences leur permettant de se faufiler plus efficacement, tandis que ceux qui préfèrent une approche plus létale débloqueront des compétences de combat supplémentaires. Les environnements sont également plus vastes, offrant aux joueurs davantage d'options pour progresser.

Après avoir fui leur patrie dévastée, Amicia et Hugo voyagent loin vers le sud, vers de nouvelles régions et des villes vibrantes. Là, ils tentent de commencer une nouvelle vie et de contrôler la malédiction de Hugo. Mais lorsque les pouvoirs de Hugo se réveillent à nouveau, la mort et la destruction reviennent dans un déferlement de rats dévoreurs. Contraints de fuir une fois de plus, les deux enfants placent leurs espoirs dans une île prophétisée qui pourrait détenir la clé pour sauver Hugo.