In diesem narrativen Survival-Horror-Spiel in der dritten Person, das 300 Jahre in der Zukunft spielt, übernimmt der Spieler die Rolle von Jacob Lee – einem Opfer des Schicksals, das in das Black Iron Prison geworfen wird, eine Hochsicherheitsstrafanstalt auf Callisto, dem Mond des Jupiter. Als sich die Insassen in monströse Kreaturen zu verwandeln beginnen, versinkt das Gefängnis im Chaos.

The Callisto Protocol spielt im Jahr 2320 auf Callisto, dem toten Mond des Jupiter, und versetzt die Spieler in die Rolle von Jacob Lee, einem Insassen des Black Iron Prison. Als ein mysteriöser Ausbruch den Mond ins Chaos stürzt, muss sich Jacob seinen dunkelsten Ängsten stellen, um die blutrünstigen Kreaturen zu besiegen, die ihn jagen, während er die düsteren Geheimnisse im Herzen der mächtigen United Jupiter Company aufdeckt.