Handlung
In den zwei Monaten seit Rise of the Tomb Raider haben Lara Croft und ihr Freund Jonah Maiava sich dem Ziel verschrieben, die Aktivitäten der paramilitärischen Organisation Trinity zu stoppen. Die beiden verfolgen eine Zelle nach Cozumel in Mexiko, die von Pedro Dominguez, dem Leiter von Trinitys Hohem Rat, angeführt wird. Als Lara sich in nahegelegene Gräber einschleicht, die von Trinity ausgegraben werden, entdeckt sie einen Tempel mit dem Dolch von Chak Chel und Hinweisen auf eine verborgene Stadt. Wandgemälde an den Wänden verweisen auf die Silberne Schatulle von Ix Chel und warnen vor „der Reinigung“, einer Maya-Apokalypse, die in einer permanenten Sonnenfinsternis gipfelt. Lara ignoriert die Warnungen und nimmt den Dolch an sich, um zu verhindern, dass Trinity ihn erhält. Dominguez ertappt sie und enthüllt, dass Lara durch die Wegnahme des Dolchs die Reinigung ausgelöst hat. Er nimmt den Dolch an sich, in der Absicht, ihn mit der Schatulle zu vereinen, um die Reinigung aufzuhalten und die Macht, die sie ihm verleiht, zu nutzen, um die Welt nach seinem Ebenbild neu zu erschaffen. Lara und Jonah entkommen einem Tsunami, der Cozumel zerstört und die kommende Apokalypse ankündigt.
Trotz wachsender Spannungen zwischen ihnen wegen ihrer Handlungen verfolgen Lara und Jonah Dominguez in den Amazonas. Ihr Flugzeug stürzt während des zweiten Kataklysmus – eines gewaltigen Sturms – im peruanischen Dschungel ab, und die beiden finden ihren Weg nach Paititi, der verborgenen Stadt aus den Wandgemälden. Die Erkundung örtlicher Gräber zeigt, dass das Durchbohren der Schatulle mit dem Dolch dem Benutzer die Macht des Gottes Kukulkan verleihen wird, die eingesetzt werden muss, um die Reinigung aufzuhalten. Lara wird Zeugin, wie Trinity-Soldaten von seltsamen humanoiden Monstern niedergemetzelt werden, die später als die Yaaxil, Wächter der Schatulle, identifiziert werden. Als Lara einen Jungen namens Etzli rettet, werden sie und Jonah von seiner Mutter Unuratu, der Königin der Stadt, nach Paititi gebracht. Lara erkennt, dass Dominguez der Anführer eines Kukulkan gewidmeten Kults ist, und Unuratu enthüllt, dass er ihr Schwager Amaru ist, der als Kind von Trinity entführt und dazu erzogen wurde, das Ritual zu vollenden und die Welt nach ihrem Bild umzugestalten. Unuratu weist Lara den Weg zur Schatulle, doch Lara stellt fest, dass sie verschwunden ist. In dem Glauben, der Kult habe die Schatulle bereits, versuchen Lara und Unuratu, sie zu stehlen, doch Unuratu wird gefangen genommen. Lara begegnet außerdem den Yaaxil und ihrer Anführerin Crimson Fire.
Lara dringt in den Tempel des Kults ein und belauscht Amaru, wie er Unuratu erklärt, dass die Schatulle von Andres Lopez versteckt wurde, einem Missionar, der während der spanischen Eroberung Südamerikas von Trinity nach Paititi geschickt wurde. Lara rettet Unuratu und erkennt, dass Amaru das Ritual nicht vollständig versteht; statt lediglich Kukulkans Macht zu verleihen, opfert das Ritual sie, um die Reinigung aufzuhalten. Unuratu wird von Commander Rourke, Amarus Stellvertreter, erschossen. Bevor sie stirbt, fleht Unuratu Lara an, das Ritual zu vollenden, warnt sie jedoch davor, sich von der Schatulle beeinflussen zu lassen. Rourke greift Lara und Jonah an, die getrennt werden, als sie Paititi verlassen, um den nächsten Hinweis zu entschlüsseln. In dem Glauben, Jonah sei tot, verfällt Lara in einen Blutrausch, zerstört eine Ölraffinerie und schlachtet dort alle ab außer Rourke, dem die Flucht gelingt. Als sie Jonah lebend findet, bricht sie kurz zusammen, doch er schafft es, sie zu beruhigen, und gemeinsam entschlüsseln sie den Aufenthaltsort der Schatulle. Vom Wahnsinn der Schatulle getrieben errichtete Lopez nahe Paititi eine Mission, wo er Akolythen ausbildete, um das Ritual zu vollenden. Lara und Jonah finden unter der Mission eine geheime Katakombe, die zu Lopez’ Grab und zur Schatulle führt. Amaru findet sie und zwingt Lara, ihm die Schatulle auszuhändigen. Er gibt zu, den Tod von Laras Vater angeordnet zu haben, um zu verhindern, dass dieser Paititi findet und der Welt offenbart. Lara versucht Amaru zu überreden, das Ritual zum Wohl der Welt einzusetzen. Er weigert sich, da die Reinigung nur Paititi betreffen wird. Amaru hat seine Position in Trinity genutzt, um sie dazu zu manipulieren, sie zu verhindern. Er lässt Lara und Jonah dem dritten Kataklysmus entkommen, einem gewaltigen Erdbeben, das einen Erdrutsch auslöst und die Mission zerstört.
Zurück in Paititi helfen Lara und Jonah dem neu gekrönten Etzli, einen Angriff auf einen unterirdischen Tempelkomplex im Zentrum von Paititi anzuführen. Sie planen, Amarus Zeremonie zu stören und dabei dem vierten Kataklysmus auszuweichen, einem Vulkanausbruch, der Paititi bedroht. Lara ist gezwungen, allein weiterzugehen, als Trinity Etzlis Streitkräfte abschneidet. Sie begegnet den Yaaxil und Crimson Fire und überzeugt sie, ihr zu helfen, Amaru aufzuhalten. Lara übernimmt die symbolische Rolle von Ix Chel, während Crimson Fire zu Chak Chel wird. Während die Yaaxil Rourke und Trinitys Hohen Rat töten, erreicht Lara die Spitze des Tempels. Sie kann Amaru nicht daran hindern, die Schatulle zu durchbohren und Kukulkans Macht in sich aufzunehmen, während eine Sonnenfinsternis die Sonne verdeckt. Nach einem langen Kampf besiegt Lara Amaru; seine Niederlage akzeptierend, überträgt er im Sterben Kukulkans Macht auf Lara. Getreu Unuratus Warnung gerät sie in Versuchung, die Schatulle zu benutzen, um ihre Eltern wiederzubeleben, lässt sich stattdessen jedoch von Crimson Fire symbolisch erstechen, opfert Kukulkans Geist und stoppt die Reinigung. In den Nachwirkungen wird Unuratu zur Ruhe gebettet, und Jonah beschließt, Urlaub zu machen. Lara bleibt in Paititi, um Etzli dabei zu helfen, die Stadt zu ihrem einstigen Glanz zurückzuführen. Eine Szene nach dem Abspann zeigt Lara im Croft-Anwesen bei der Planung ihres nächsten Abenteuers, wobei sie anerkennt, dass es nicht ihre Aufgabe ist, die Geheimnisse der Welt zu lösen, sondern sie zu beschützen.
