Willkommen in Hope County, Montana, dem Land der Freien und der Mutigen, aber auch der Heimat eines fanatischen Weltuntergangskults namens The Project at Eden’s Gate, der die Freiheit der Gemeinschaft bedroht. Stell dich dem Kultführer Joseph Seed und den Herolden entgegen und entfache die Feuer des Widerstands, die die belagerte Gemeinschaft befreien werden. In dieser weitläufigen Welt werden deine Grenzen und deine Kreativität gegen den größten und skrupellosesten Feind auf die Probe gestellt, den Far Cry je gesehen hat. Es wird wild und es wird seltsam, aber solange du einen kühlen Kopf bewahrst, können die Bewohner von Hope County beruhigt sein, denn sie wissen, dass du ihr Hoffnungsschimmer bist.

Das Spiel spielt im fiktiven Hope County, Montana, wo ein Prediger namens Joseph Seed in der Region zu Ansehen gelangt ist. Seed glaubt, dass er auserwählt wurde, die Menschen von Hope County vor einem „unausweichlichen Zusammenbruch“ zu schützen, und hat eine Gemeinde namens Eden’s Gate gegründet. Angeblich dient dies dazu, seine Mission zu erfüllen, die Menschen zur Erlösung zu führen; in Wahrheit ist Seed ein radikaler Prediger und Eden’s Gate ein militaristischer Weltuntergangskult. Unter seiner Herrschaft hat Eden’s Gate sowohl Zwang als auch Gewalt eingesetzt, um die Bewohner von Hope County gewaltsam zu bekehren, sowie Einschüchterung, um sie davon abzuhalten, die Bundesregierung um Hilfe zu bitten. Als ein Versuch, Seed zu verhaften, mit dem Tod mehrerer Gesetzeshüter endet, wird der Spieler in den bewaffneten Konflikt zwischen Eden’s Gate und den verbliebenen Bewohnern von Hope County hineingezogen, die sich zu einer Widerstandsbewegung organisieren. Der Spieler übernimmt die Rolle eines Sheriffs Deputy, der nach Hope County geschickt wird, um Seed zu verhaften. Seed hat den Titel „der Vater“ angenommen und hält Hope County mit Hilfe seiner Geschwister unter Kontrolle, die als „die Herolde“ bekannt sind: Jacob, ein ehemaliger Militäroffizier, der ihre bewaffneten Soldaten befehligt; John, ein Anwalt, dem es gelungen ist, einen Großteil des Landes in Hope County für Eden’s Gate zu erwerben; und Faith, die als Pazifistin auftritt, um die Menschen dazu zu bringen, an ihren älteren Bruder zu glauben und ihm zu vertrauen. Zu den Bewohnern von Hope County, die sich Seed widersetzen, gehören Pastor Jerome, ein örtlicher Kirchenführer, dessen Gemeinde von Eden’s Gate übernommen wurde; Mary May, eine Barkeeperin, deren Vater von dem Kult ermordet wurde; und Nick Rye, ein Pilot eines Agrarflugzeugs, der den Einfluss des Kults beseitigen will, um eine bessere Zukunft für seine Kinder aufzubauen.