En este juego narrativo de terror y supervivencia en tercera persona ambientado 300 años en el futuro, el jugador asumirá el papel de Jacob Lee, una víctima del destino arrojada a la prisión Black Iron, una penitenciaría de máxima seguridad situada en Calisto, la luna de Júpiter. Cuando los reclusos comienzan a transformarse en criaturas monstruosas, la prisión se ve sumida en el caos.

Ambientado en Calisto, la luna muerta de Júpiter, en el año 2320, The Callisto Protocol pone a los jugadores en la piel de Jacob Lee, un recluso de la prisión Black Iron. Cuando un misterioso brote sume a la luna en el caos, Jacob debe enfrentarse a sus miedos más oscuros para derrotar a las criaturas sanguinarias que lo acechan mientras desentraña los oscuros misterios en el corazón de la poderosa United Jupiter Company.