Bienvenido a Hope County, Montana, tierra de los libres y los valientes, pero también hogar de una secta fanática del fin del mundo conocida como The Project at Eden’s Gate, que amenaza la libertad de la comunidad. Enfréntate al líder de la secta, Joseph Seed, y a los Heraldos, y aviva las llamas de la resistencia que liberarán a la asediada comunidad. En este mundo expansivo, tus límites y tu creatividad se pondrán a prueba frente al enemigo más grande y despiadadamente brutal que Far Cry haya visto jamás. Será salvaje y será extraño, pero mientras mantengas la calma, los habitantes de Hope County podrán estar tranquilos sabiendo que eres su faro de esperanza.

El juego está ambientado en el ficticio condado de Hope County, Montana, donde un predicador llamado Joseph Seed ha alcanzado gran notoriedad en la región. Seed cree que ha sido elegido para proteger a la gente de Hope County de un «colapso inevitable» y ha establecido una congregación llamada Eden’s Gate. En apariencia, esto es para cumplir su misión de guiar a la gente hacia la salvación; en realidad, Seed es un predicador radical y Eden’s Gate es una secta militarista del fin del mundo. Bajo su mandato, Eden’s Gate ha utilizado tanto la coacción como la violencia para convertir por la fuerza a los habitantes de Hope County, y la intimidación para impedir que contacten al gobierno federal en busca de ayuda. Cuando un intento de arrestar a Seed termina con la muerte de varios agentes de la ley, el jugador se ve arrastrado al conflicto armado entre Eden’s Gate y los habitantes restantes de Hope County, que se están organizando en un movimiento de resistencia. El jugador asume el papel de un ayudante del sheriff que es enviado a Hope County para arrestar a Seed. Seed ha asumido el título de «el Padre» y mantiene el control sobre Hope County con la ayuda de sus hermanos, conocidos como «los Heraldos»: Jacob, un exoficial militar que supervisa a sus soldados armados; John, un abogado que ha logrado adquirir gran parte de las tierras de Hope County para Eden’s Gate; y Faith, que actúa como pacifista para hacer que la gente crea en su hermano mayor y confíe en él. Entre los habitantes de Hope County que se oponen a Seed están el pastor Jerome, un líder religioso local que ha visto cómo Eden’s Gate le arrebataba su congregación; Mary May, una camarera cuyo padre fue asesinado por la secta; y Nick Rye, un piloto de fumigación aérea que quiere eliminar la influencia de la secta para construir un futuro mejor para sus hijos.